Znovu nutno upozornit, že pravidla uplatnění jmenovaného paušálu a s tím spojené důsledky platí v oblasti daně z příjmů. Jde-li o daň z přidané hodnoty, sem dotčená novela v zásadě nijak nedopadá. U plátců, kteří si u daně z příjmů zvolí možnost uplatnění paušálního výdaje na dopravu, se tedy tato skutečnost do uplatňování DPH nijak nepromítá. Pro DPH platí stejný režim a pravidla jako před novelou umožňující u daně z příjmů zvolit dotčený paušální výdaj. Nárok na odpočet DPH a podmínky pro jeho uplatnění stanoví zejména § 72 a § 73 z.č. 235/2004 Sb. v platném znění. Nadále tak platí, že plátce má právo uplatnit nárok na odpočet, pokud přijme od jiného plátce zdanitelná plnění, použije je pro svoji ekonomickou činnost a doloží je daňovým dokladem. Dodržení těchto podmínek v daňovém řízení musí prokázat. Použití paušálního výdaje na dopravu pro účely daně z příjmů neznamená automaticky, že plátce prokázal použití pro ekonomickou činnost pro účely uplatnění nároku na odpočet DPH. Zákon o dani z přidané hodnoty neurčuje a nikdy exaktně neurčoval, jaké důkazní prostředky pro prokázání správnosti daňové povinnosti má plátce daně předložit, stejně tak neobsahoval k doložení užití motorového vozidla pro ekonomickou činnost povinnost vedení právě tzv. knihy jízd. Bylo a je vždy na plátci daně, jakými důkazními prostředky užití motorového vozidla a spotřebu pohonných hmot pro ekonomickou činnost doloží.

Vzhledem k uvedenému je třeba shrnout, že pouze volba a užití paušálních výdajů na provoz silničního motorového vozidla pro účely daně z příjmů neprokazuje pro účely daně z přidané hodnoty správnost uplatněného nároku na odpočet DPH.